Đông Nam Bộ có địa hình bán bình nguyên, trung du và đồi núi thấp dưới 1000m, bề mặt thoải. Độ cao giảm dần từ tây bắc xuống đông nam, có độ cao bề mặt dao động từ khoảng 500 - 700m (H.Bù Gia Mập, Bình Phước - phần rìa phía nam cao nguyên Mơ Nông) xuống 1m (H.Bình Chánh, TP.HCM - giáp ranh đồng bằng sông Cửu Long).
Hơn 70% diện tích của vùng có độ cao trên 50m, chủ yếu là các đồi thấp xen bưng bàu trũng, địa hình cao và lượn sóng mạnh ở phía bắc, giảm dần về phía nam