Lấy bối cảnh nước Nhật thế kỷ 17, nhân vật chính trong Samurai trẻ tuổi là Jack Fletcher – cậu bé người Anh duy nhất may mắn sống sót trên con tàu Alexandria danh tiếng, sau cuộc đụng độ với các ninja thiện xảo khi băng qua vùng biển Nhật Bản. Cậu may mắn được một kiếm sư nổi tiếng nhận làm con nuôi, và huấn luyện để trở thành một samurai.